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        在首任院长蔡元培任内，中央研究院陆续在南京、上海等地设立十个研究所。

        其中，理化实业研究所于1927年11月筹设，下有物理组、化学组、工程组。1928年7月分立为物理研究所、化学研究所、工程研究所，均在上海。

        地质调查所于1927年11月筹设，1928年7月在上海成立地质研究所。

        社会科学研究所于1927年11月筹设，1928年5月正式成立，下有法制组、民族组、经济组、社会组，前两组在南京，后两组在上海。1934年7月，中华教育文化基金董事会之北平社会调查所并入该所，1945年改称社会研究所。

        观象台于1927年11月更名，下有天文组、气象组。1928年2月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京。

        语言历史研究所于1927年夏设于广州中山大学，1928年3月在中山大学筹设历史语言研究所，10月22日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。

        体质人类学研究所于1944年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。

        自然历史博物馆于1929年1月筹备，1930年1月成立于南京，1934年7月更名为“动植物研究所”，1944年5月分立动物研究所、植物研究所。

        心理研究所于1928年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月在北平正式成立。

        数学研究所于1941年筹备，1947年在上海正式成立。

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